原核藻类属于藻类植物，自然原核藻类也是属于植物。原核藻类约1500种，分布很广，多生于淡水。植物体有单细胞、群体或丝状体。细胞无真正的细胞核，原生质体分化为周质和中心质两部分。原核藻类可以分为两个门，即蓝藻门、原绿藻门。细胞为原核细胞，主要是蓝藻门，有时被提升为一界，即蓝藻界（蓝菌界）。单细胞个体或群体，或为细胞成串排列组成藻丝（细胞列）的丝状体，不分枝、假分枝或真分枝。具核质，无核膜；色质区主要由类囊体及其有关结构，藻胆体和糖原颗粒等所组成，具叶绿素a、藻胆素、胡萝卜素、类胡萝卜素等光合色素，但无叶绿体膜，不形成叶绿体；具细胞壁。
　　蓝藻门

　　蓝藻门周质位于细胞壁内侧，含叶绿素a和藻蓝素（藻胆素），所以一般呈蓝绿色，但无载色体；中心质相罚当于细胞核的位置，不具核膜和核仁，但具有DNA，称原核。细胞核分为内外两层，内层由纤维素构成，外层是果胶质组成的胶质鞘。无性生殖，主要靠细胞分裂、群体破裂、丝状体断裂增加个体数目，少数有孢子。常见蓝藻中，单细胞的有色球藻属，生于温室的花盆上或潮湿的岩石上，也可生于淡水中；群体的有微囊藻属，浮游水中危害水生动物；还有颤藻属、念珠藻属、鱼腥藻属等。可食用的有地木耳、发菜等。

　　原绿藻门

　　原绿藻门现仅发现一种，即原绿藻。最早是于1975年在墨西哥的下加利福尼亚发现，现在已在许多热带海域，包括我国的西沙群岛和海南岛的三亚西洲岛发现。单细胞、草绿色，聚生在珊瑚礁潮下带上部某些胶质的壳状动物体上，特别是死珊瑚体上的海鞘类；也有个别生长在活藻类如与海绵动物共生的角网藻的藻体的胶质动物体上。在光学显微镜下，原绿藻细胞球形，直径8～12微米，原生质体明显地分为两部分：无色的中央区和翠绿色的周围区，没有细胞核和叶绿体。细胞分裂与蓝藻门一样，为双分裂。光合色素有β胡萝卜素及叶绿素a和叶绿素b，a/b比平均为5.6～6.0，比其他绿藻类a/b比(2～3)高得很多。一般认为原绿藻由蓝藻进化而来；有的则认为原绿藻可能发生于20多亿年前在海鞘类出现之前，是介于蓝藻和绿藻的中间生物，既继承了蓝藻类的叶绿素a，又产生了叶绿素b，为绿藻类的产生打了前锋。